El Programa Operativo Anual (POA), es el instrumento que se utiliza para llevar a cabo la programación anual de las Administraciones del Sistema Portuario Nacional, en el cual se consideran las acciones a seguir para: dar cumplimiento a los objetivos, estrategias, metas y demás obligaciones establecidas en el PMDP y en el Título de Concesión; atender los compromisos de productividad que, para el ejercicio de que se trate, las Administraciones del Sistema Portuario Nacional se proponen alcanzar directamente o a través de terceros con los que tengan celebrados contratos; la promoción, operación y desarrollo del puerto, o grupo de ellos y terminales; y atender aspectos administrativos y de política económica, social y ambiental.

El contenido determinado para la elaboración del POA consta en términos generales, de una revisión de la situación del puerto, así como los avances en el cumplimiento de los objetivos establecidos en el PMDP, y de los retos que se están enfrentando; a partir de esta información, se está requiriendo a las Administraciones del Sistema Portuario Nacional establezcan, sus proyecciones anuales respecto a compromisos de productividad, crecimiento financiero, administrativos y desarrollo del puerto en general, y finalmente, la determinación de los proyectos y acciones específicas que realizarán para dar cumplimiento a los objetivos y metas estratégicas del PMDP.